Cafodd y pentref sy’n cael ei galw Bagillt heddiw ei ffurfio ar ôl i llawer o aneddiadau bach ffurfio, yn penodol y aneddiadau o Coleshill Fawr, Bagillt Fawr a Bagillt Fechan. Mae’r enw yn dod o disgrifiad o’r aneddiad cynnar Mercian “Bacca’s lea” neu’r “lea yn perthyn i pobl Bacca”. Mae aneddiadau Mercian yn cyffredin yn y rhanbarth hon o Gymru, ac yn yr adeg hon roedd Bagillt yn cael ei anheddu gan Sacsoniaid Mercian, roedd o ar y ymyl o Mercia; gyda Clawdd Offa yn dechrau ar y arfordir agos, yn Prestatyn, a Clawdd Watt yn mynd trwy Bagillt.


Yn yr oed tywyll a dechrau yr oesoedd canol roedd Bagillt yn cael ei  dominyddu gan brwydrau rhwng y Sacsoniaid a’r Prydeinig. Cafodd y castell yn Hen Blas ei codi gan y Sacsoniaid ac bu farw Brenin Canwulf o Mercia yna yn 821. Roedd y castell o dan rheolaeth y Cymreig yn 1157, pan oedd Owain Gwynedd yn cael ei trechu gan Brenin Harri II o Lloegr, ac ar ôl hyn cafodd ei ailadeiladu fel castell Motte a Bailey a daeth yn un o’r tair castell brenhinol Saesneg yn yr ardal. Cafodd ei cipio nol, a dinistrio gan Owain Gwynedd yn 1166, ac wedyn ei ailadeiladu fel castell brenhinol Cymraeg. Adeiladodd Llewelyn Mawr eglwys yna yn 1208, ond syrthiodd y adeilad i mewn i distryw ar ol y difodiad o’r teulu brenhinol Cymraeg, a’r ychwanegiad o Cymru i Lloegr.


Nid oes llawer yn cael ei gwybod am Bagillt eto tan hwyr yn ail ar bymtheg canrif pan daeth yn pwysig fel rhan o ardal diwydiannol, gyda pwysigrwydd ar y cynhyrchiad o plwm. Yn hwyrach daeth pyllau glo a gwahanol diwydiannau, gan cynnwys cynhyrchiad rhaffau, a bragu o cwrw yn dod yn amlwg wrth i’r pentref dod yn fwy. Heddiw mae’r cael ei dweud fod Bagillt yn oed ôl diwydiannol yn ei hanes, gyda’r pyllau glo a plwm wedi mynd, ac er fod rhai diwydiannau bach, newydd, wedi dod i’r pentref, mae rhanfwyaf o gweithwyr y pentref yn teithio i’r trefi o Trefynnon a Fflint, neu i Gaer a’r trefi a dinasoedd diwydiannol Saesneg.